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琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成，
作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节着1，3苷键交替相连的β-D-半乳糖残基和3,6-内醚-L-半乳糖残基 。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有硫酸酯（盐）、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。商品琼脂一般带有2%―7%的硫酸酯（盐），0%―3%的丙酮酸醛及1%―3%的甲乙基。在工业上的琼脂 色泽由白到微黄，具有胶质感，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。
琼脂系选用优质天然石花菜、江蓠菜（ Gracilaria）、紫菜（porphyra）等海藻为原料，采用科学方法精炼提纯的天然高分子多糖物质。含有多种元素，并具有清热解暑、开胃健脾之功能。
琼脂早已被美国食品药物管理条例列为公认安全的产品，获准作为食品添加剂作为专题载入食品化学品药典之中。
琼脂 为亲水性胶体，分有条状和粉末状，不溶于冷水，易溶于热水。琼脂在工业上具有独特的重要性，琼脂的浓度即使低至1%仍能形成相当稳定的凝胶（冻胶），是食品工业、化学工业、医学科研所必需之原料。
提炼琼脂的简单工艺流程如下：
（1）琼脂条：江蓠菜（或紫菜）→浸碱→洗涤→漂白→煮胶→过滤→推条→冷冻→脱水→烘干→成品→包装。
（2）琼脂粉：江蓠菜（或紫菜）→浸碱→洗涤→漂白→煮胶→过滤→压水→烘干→粉碎→成品→包装。
琼脂、琼脂糖因为有特殊的胶凝性质，尤其有显著的稳固性、滞度和滞后性，并且易吸收水分，有特殊的稳定效应；已经广泛使用于食用、医药、化工、纺织、国防等领域，据不完全统计，琼脂、琼脂糖的用途已有1000多种，被国际上称为“新奇的东亚产品”。在食品工业中可用于生产：水晶软糖、定型软糖、水产品、肉类罐头、果汁饮料、果肉饮料、米酒饮料、乳品饮料、精品、乳品蛋糕。
由于其良好的生物相容性又广泛用于生物分离介质的生产。
简单地说，把琼脂中的琼脂果胶去掉，剩下的部分，就是琼脂糖。
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