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1.子公司是独立法人，对外独立承担责任。分公司不是独立法人，对外不独立承担责任。
2.子公司被视为居民纳税人，承担全面纳税义务。分公司被视为非居民纳税人，只承担有限纳税义务。
3.公司经营状况较为波动，下属企业可能发生亏损时，建议设立分公司，分公司与总公司合并报表冲减总公司的利润，分公司可减少应税所得，少缴纳所得税。而下属企业的发展前景较好，短期盈利可能性大时，则选择设立子公司较为适宜，能享受到对未分配利润递延纳税的好处。
4.分公司的公司名称无一例外皆显示为某某公司分公司，而子公司的公司名称并不显示为某某公司子公司。
5.分公司的财产、责任等与总公司混同，子公司的财产、责任较之母公司具有独立性。
6.分公司没有独立的注册资本，而子公司依照母公司投入资本的差异，可分为全资子公司和控股子公司。
7.分公司有负责人而没有法定代表人，子公司有法定代表人。
8.虽然分公司对外签订合同没有法律障碍，但作为交易相对方仍应审核其是否具有总公司的书面授权。而子公司对外签署协议一般无需审查其是否具有母公司的书面授权或同意。
9.分公司负债时，债权人可直接要求总公司清偿。子公司负债时，债权人一般无权要求母公司清偿。
10.有的分公司由总公司的员工内部承包，自主经营，自负盈亏，分公司一旦对外负债而被债权人起诉要求总公司清偿债务，分公司与总公司之间矛盾爆发。而子公司对外负债要向债权人独立清偿，除非母公司存在自愿提供连带保证责任担保或未按时足额履行出资义务而出资期限已届满而应在未出资本息范围内向债权人承担补充清偿责任等情形。
11.分公司财产、人事、业务类型受总公司直接控制和影响，而子公司不被母公司直接控制，母公司通过控股产生受其控制的子公司董事，并由后者通过股东会/董事会决议贯彻、执行母公司的意图。
子公司与分公司区别
子公司与分公司这两者最大的区别是有没有独立的法人地位，分公司没有独立的法人地位，而子公司是有的。工商行政管理局的企业工商登记中的内容不同，具体体现在出资上。其法律依据是我国《公司法》第14条的规定：“公司可以设立分公司，分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有企业法人资格，依法独立地承担民事责任”。
分公司特点：是公司的分支机构;具有营业资格不具有法人资格。
子公司特点：子公司是其一定数额的股份被其它公司持有而由其它公司控制的公司。持有其它公司股份并能控股的是母公司。母公司与子公司是股份控制的经济关系，子公司具有法人资格。
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