乌鲁木齐市、南京市、成都市，以及疆内的一些城市。
目前直飞伊犁的城市有乌鲁木齐市、南京市、成都市，以及疆内的一些城市，其他航班大都要在乌鲁木齐市或者克拉玛依市中转。
截至2020年，有国航、南航、天津航空、乌鲁木齐航空、山东航空、东航、7家航空公司在伊犁机场运营，开通8条航线。
南京到新疆咯纳斯有2种典型距离，直线距离3200公里，驾车距离约4400公里。
驾车路线：全程约4363.3公里
起点：南京客运站
1.南京市内驾车方案
1) 从起点向西北方向出发，行驶70米，左转
2) 行驶280米，稍向左转
3) 行驶60米，右前方转弯进入红山南路
4) 沿红山南路行驶730米，左转进入红山路
5) 沿红山路行驶2.0公里，稍向右转进入和燕路
6) 沿和燕路行驶1.8公里，右前方转弯进入栖霞大道
7) 沿栖霞大道行驶3.5公里，稍向右转进入柳塘立交桥
2.沿柳塘立交桥行驶1.1公里，直行进入宁洛高速
3.沿宁洛高速行驶708.2公里，朝济源/晋城/G55/G36方向，稍向左转进入二广高速
4.沿二广高速行驶650米，朝三门峡/西安/G36方向，右前方转弯上匝道
5.沿匝道行驶360米，直行进入郑卢高速
6.沿郑卢高速行驶390米，直行进入宁洛高速
7.沿宁洛高速行驶35.9公里，朝三门峡/西安方向，稍向左转上匝道
8.沿匝道行驶1.4公里，右前方转弯进入连霍高速
9.沿连霍高速行驶277.0公里，直行进入连霍高速
10.沿连霍高速行驶，过明光峪跨沟桥，直行进入连霍高速
11.沿连霍高速行驶16.1公里，朝G5/G65W/阎良/韩城方向，稍向右转进入零口枢纽
12.沿零口枢纽行驶700米，直行进入西咸北环线高速
13.沿西咸北环线高速行驶75.5公里，朝G70/礼泉/长武方向，稍向右转上匝道
14.沿匝道行驶1.1公里，直行进入福银高速
15.沿福银高速行驶164.4公里，直行进入青兰高速
16.沿青兰高速行驶126.1公里，直行进入福银高速
17.沿福银高速行驶15.7公里，过右侧的白家村，稍向右转上匝道
18.沿匝道行驶940米，直行进入青兰高速
19.沿青兰高速行驶50.0公里，直行进入青兰高速
20.沿青兰高速行驶30米，直行进入青兰高速
21.沿青兰高速行驶223.1公里，朝白银/武威/新疆/青海方向，稍向右转上匝道
22.沿匝道行驶350米，直行进入连霍高速
23.沿连霍高速行驶20.4公里，直行进入京藏高速
24.沿京藏高速行驶20.2公里，朝机场/武威方向，稍向右转进入树屏枢纽
25.沿树屏枢纽行驶790米，直行进入连霍高速
26.沿连霍高速行驶4.9公里，朝武威/酒泉方向，稍向右转进入茅茨岘枢纽
27.沿茅茨岘枢纽行驶810米，直行进入连霍高速
28.沿连霍高速行驶1663.7公里，直行进入连霍高速
29.沿连霍高速行驶20米，直行进入连霍高速
30.沿连霍高速行驶59.0公里，直行上匝道
31.沿匝道行驶2.1公里，直行进入吐和高速
32.沿吐和高速行驶170米，直行进入连霍高速
33.沿连霍高速行驶113.5公里，朝奎屯方向，稍向右转进入乌拉泊枢纽
34.沿乌拉泊枢纽行驶1.1公里，过乌拉泊立交桥约380米后，直行进入绕城高速
35.沿绕城高速行驶410米，直行进入连霍高速
36.沿连霍高速行驶99.0公里，在克拉玛依/S115/S201出口，稍向右转进入五工台立交桥
37.沿五工台立交桥行驶560米，过五工台立交桥，右前方转弯
38.行驶1.4公里，左转进入克榆公路
39.沿克榆公路行驶213.8公里，直行进入迎宾路
40.沿迎宾路行驶290米，朝阿勒泰方向，稍向右转上匝道
41.沿匝道行驶960米，直行进入阿库线
42.沿阿库线行驶21.1公里，进入门户西路
43.沿门户西路行驶460米，调头进入门户西路
44.沿门户西路行驶400米，右转
45.行驶5.1公里，朝阿勒泰方向，稍向右转上匝道
46.沿匝道行驶490米，直行进入奎阿高速
47.沿奎阿高速行驶185.9公里，在布尔津岔口出口，稍向右转进入巴音托海立交桥
48.沿巴音托海立交桥行驶1.2公里，直行进入巴音托海立交桥
49.沿巴音托海立交桥行驶2.1公里，右转进入S318
50.沿S318行驶20米，左前方转弯进入G217
51.沿G217行驶670米，直行进入阿库线
52.沿阿库线行驶97.2公里，直行进入喀纳斯路
53.沿喀纳斯路行驶380米，过右侧的海尔(海鑫店)约150米后，左转进入神湖路
54.沿神湖路行驶920米，直行进入S227
55.沿S227行驶5.6公里，右转进入S232
56.沿S232行驶130.1公里，到达终点(在道路左侧)
终点：新疆喀纳斯国家地质公园
