增值税发票抵扣联丢失了，也还是可以进行抵扣的。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相 符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务 机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税 专用发票已报税证明单》，作为增值税进 项税额的抵扣凭证；
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发 票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主 管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
专用发票记 账联复印件和《证明单》留存备查。
发票联和抵扣联(交易的购货方持有)对于一般纳税人 的材料采购和抵扣进项税额是非常重要的。缺一不可。
抵扣联是指是企业按照税法的规定在支付了上一道环节的增值税以后，在本单位或企业生产阶段可以抵扣的原始凭证，也是作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证。在向税务机关税务申报时，尤其是计算进项税额时，没有抵扣联则不可以抵扣进项税额。
增值税专用发票的基本联次包括发票联、抵扣联和记账联。发票联，是指作为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证;记账联，作为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
法律依据
《增值税专用发票使用规定》
第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
