主要原因是书被烧了
华佗被曹操关进监狱后，监狱中有个狱卒，姓吴，人们称他为"吴押狱"。他敬重华佗的为人，每天拿酒食给华佗吃。华佗非常感激，告诉他说："我快死了，遗憾的是我的那本《青囊书》还没有传到世上。现在你的深情厚意，无可报答；我写一封书信，你可派人送到我家，取来《青囊书》赠给你，这样你就可以继承我的医术了。"吴押狱非常高兴地说：\"我如果得了这本书，就不干这个差使了，去医治天下病人，使先生的医德继续流传。"华佗当即写了书信交给吴押狱。吴押狱到了金城，拿到了《青囊书》，回到狱中，华佗检看后就把书赠给了吴押狱。吴押狱拿回家藏起来。十天之后，华佗死在了狱中。
吴押狱买棺葬了华佗，辞了差役回家，想拿出《青囊书》学习，却见他的妻子正在那里焚烧那本医书。吴押狱大吃一惊，连忙抢夺过来，可是全书已被烧毁，只剩得最后一两页。吴押狱非常生气，怒骂他的妻子。他的妻子说："纵然学得与华佗一般神妙的医术，又能怎样？最后像华先生一样死在大牢之中，要他何用！"吴押狱唯有连连叹气。因此《青囊书》没有流传下来。
据陈寿的《三国志》记载，华佗倾毕生经历所作之书为《青囊书》。此书将华佗的毕生心血、行医经验一一记载，但传说由于徒弟吴普保护不利，此书最终被焚毁而失传。据说当时只抢救出来几页，因此才有“五禽戏”、“麻沸散”以及后世所传的一些阉割禽畜的小医术，正是烧剩下的一两页中所记载的。
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建安十三年（公元208年），夜，倾盆大雨，许昌城北死牢。
飘忽不定的油灯光下，一个清癯白须的老者将一个布包交给牢头，轻声道：“此可以活人！”那牢头悄悄将布包揣入怀中。
一千七百年后，有游人至江苏沛县华佗庙，庙门前一副对联曰：
医者刳腹，实别开岐圣门庭，谁知狱吏庸才，致使遗书归一炬；
士贵洁身，岂屑侍奸雄左右，独憾史臣曲笔，反将厌事谤千秋。
说的是，当年三国神医华佗将其毕生心血凝著《青囊经》，临终前夜传于牢头，那人竟不敢接，华佗无奈将其付之一炬，致使该医经失传至今，令人扼腕叹息。
悠悠岁月，沧海桑田，此事早已湮没在漫漫尘世之中了
